Aus verschiedenen Sammlungen im St. Anna Kollegium und dem Maximilianmuseum ging im Jahr 1966 das Römische Museum Augsburg hervor. In der umgebauten dominikanischen Klosterkirche St. Magdalena sollte das römische Erbe der Stadt Augsburg gewürdigt werden.
Die später folgende Statdtarchäologie wurde ebenfalls im Römischen Museum untergebracht und beschäftigte sich mit Funden wie der Tabula Peutingeriana, der weltberühmten einzig erhaltenen antiken Straßenkarte, des Oberhauser Pfeilergrabmals aus dem Jahr 1709 oder auch einem Pferdekopf aus dem Jahr 1769.
Derzeit beherbergt das Römische Museum in Augsburg eine Dauerausstellung unter dem Titel „Römerlager – Das römische Augsburg in Kisten“. Mit dieser Ausstellung präsentiert das Museum in sieben Themenbereichen zahlreiche großartige und beeindruckende Fundstücke. Die römische Götterwelt wird gleichermaßen thematisiert wie das Alltagsleben und die Arbeitswelt der Menschen der römischen Antike. Außerdem widmet sich das Museum der Erklärung weitreichender wissenschaftlicher Methoden, die dazu dienen, das Alter von verbauten Hölzern zu bestimmen. Ergänzend zur Dauerausstellung arrangiert das Museum ständig wechselnde Sonderausstellungen und Sonderpräsentationen.
Im Jahr 2014 wurden gravierende bauliche Mängel im Museumsdomizil festgestellt. Eine Fortsetzung des Betriebs konnte nicht gewährleistet werden. Kurzerhand musste das Museum geräumt werden und kommt nun seit 2015 auf vorerst unabsehbare Zeit in den Räumen des Augsburger Zeughauses unter. Zwar kann die Dauerausstellung und korrespondierende Sonderausstellungen in den begrenzten Räumlichkeiten gut präsentiert werden. Jedoch müssen zahlreiche Exponate bis zur vollständigen Sanierung und der folgenden Wiedereröffnung der Klosterkirche St. Magdalena in Kisten sicher verpackt und eingelagert bleiben. Sie schlummern im Verborgenen und warten auf ein neues Entdecken der alten Schätze in sicheren und modernisierten Räumlichkeiten.