Die ur- und frühgeschichtliche Sammlung der Universität Jena wurde 1863 Kunsthistoriker Friedrich Klopfleisch (1831-1898) als Germanisches Museum der Jenaer Universität gegründet.
Die Gründungsbestände umfassen neben einer privaten Sammlung von Klopfleisch vor allem die "Praehsistorica"- Sammlung der Großherzoglichen Bibliothek in Weimar. Diese reicht bis auf die Arbeiten von Johann Wolfgang von Goethe und Christian August Vulpius zurück.
Heute lassen sich hier über 1.000.000 Einzelobjekte bewundern, die aus etwa 1.500 Fundorten Europas sowie einigen außereuropäischen Gebieten stammen. Damit zählt diese Sammlung zu den bedeutungsvollsten ihrer Art in Deutschland. Ein Schwerpunkt wird mit Objekten aus ca. 1.000 mitteldeutschen Fundorten gesetzt.
Darunter befinden sich auch Artefakte aus Silber und Gold sowie aus anderen natürlichen Materialien wie Knochen, Elfenbein (Mammutzähne), Glas, Holz und Bernstein. Darüber hinaus können Besucher eine Vielzahl an überregionalen Fundkomplexen bestaunen wie zum Beispiel ein Grabfund der römischen Kaiserzeit aus Dienstedt oder auch Funde aus Ölknitz wie paläolithische Artefakte, die keltische Schnabelkanne von Borsch und die latènezeitliche Maskenfibel von Ostheim. Teile des Bestandes werden auch als Dauerleihgaben in Regionalmuseen ausgestellt.
Zu den Höhepunkten zählen Funde aus dem österreichischen Hallstatt, dem italienischem Montegiorgio oder dem schweizerischen La Tène.
Ein Großteil der Exponate sind erworbene oder geschenkte Privatsammlungen wie die Picener Sammlung von dem Chemiker Dr. Otto Schott.
Zu weiteren bedeutenden Teilbeständen zählen auch die Sammlung lausitzischer Funde aus Schlesien sowie die Sammlung oberfränkischer Altertümer des Mediziners und Prähistorikers August Friedrich Siebert (1815-1855). Somit bietet die Exposition eine wunderbare Basis für Lehre, Forschung und Ausstellungen.