Als Gesundheitskonzern wurde AGAPLESION im Jahr 2002 von verschiedenen Diakoniewerken und evangelischen Kirchen als Reaktion auf die Umgestaltung des Gesundheitssystems gegründet. Das Unternehmen definiert sich als Fortführung einer 150jährigen Tradition der evangelischen Kranken- und Altenpflege in Deutschland. Die bestehenden christlichen Einrichtungen der Kranken- und Altenpflege stärkten durch diese Fusion ihre Wettbewerbsfähigkeit auf dem Gesundheitssektor und reagierten auf die zunehmende wirtschaftliche Konkurrenz durch Privatkonzerne.
Bis heute sind die Diakonien und die evangelischen Kirchen alleinige Aktionäre der Gesellschaft. AGAPLESION ist als gemeinnützige Organisation anerkannt und dementsprechend nicht auf Profitmaximierung ausgerichtet.
AGAPLESION betont seine christliche Basis und den gesellschaftlichen Auftrag der evangelischen Einrichtungen. Dieses Selbstverständnis war auch Grundlage der Namensgebung. „Agapéseis ton plesion“ stammt aus dem Markus-Evangelium und bedeutet „Liebe deinen Nächsten“. An den Standorten unterhält das Unternehmen seelsorgerische Angebote und eine enge Anbindung an die Einrichtungen der beteiligten Evangelischen Kirchen. Dies zeigt sich auch durch jeweils angeschlossenen Ethik-Kommissionen, die in medizinischen Extremsituationen Patienten und Angehörige begleiten und beraten.
Das Unternehmen betreibt in der Bundesrepublik über 100 Einrichtungen. Hierunter befinden sich 23 Kliniken, die zusammen über eine Bettenkapazität von 6.250 verfügen, 40 Alten- und Pflegeheime und 34 medizinische Versorgungszentren. Darüber hinaus hat die Diakonie 16 mobile Pflegedienste und vier Sterbehospize in den Konzern eingebracht. Mit einer Mitarbeiterzahl von über 20.000 und einem Jahresumsatz von 1,5 Milliarden Euro, gehört AGAPLESION zu den größten Gesundheitsdienstleistern in der Bundesrepublik. Das Unternehmen expandierte in den letzten Jahren durch die Angliederung weiterer diakonischer Einrichtungen.